Parmi les centaines de mutations du SRAS-CoV-2 détectées pendant la pandémie, l'attention des autorités sanitaires du Portugal se porte sur quatre variantes préoccupantes - Alpha, Beta, Gamma et Delta - présentes au Portugal avec une transmission communautaire.

Alpha, associé au Royaume-Uni, a été le premier de ces variants à avoir une prévalence élevée au Portugal, et on estime qu'en mai, il était responsable de près de 90 % des cas d'infection par le nouveau coronavirus dans le pays.

Plus récemment, l'attention s'est portée sur la variante Delta, initialement détectée en Inde, considérée comme plus transmissible, et qui, selon les autorités sanitaires nationales, pourrait dépasser Alpha et devenir la plus prévalente au Portugal en quelques semaines.

Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), la variante Delta du SRAS-CoV-2 sera à l'origine de 90 % des nouvelles infections en Europe d'ici la fin du mois d'août et d'une augmentation des admissions à l'hôpital et des décès.

Variantes considérées comme préoccupantes par l'Organisation mondiale de la santé

Actuellement, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé quatre "variantes préoccupantes" (VOC), leur ayant attribué, fin mai, la désignation de lettres de l'alphabet grec pour en faciliter la compréhension.

Dans la catégorie des VOC figurent donc Alpha, initialement détecté au Royaume-Uni en décembre 2020, Beta, associé à l'Afrique du Sud depuis décembre 2020, Gamma, identifié au Brésil en janvier 2021, et Delta, originaire d'Inde et classé comme préoccupant en mai dernier.

Un variant est considéré comme préoccupant lorsqu'une ou plusieurs des conditions suivantes se produisent : augmentation de la transmissibilité du virus, augmentation de la virulence ou modification clinique de la maladie, et diminution de l'efficacité des mesures sociales et de santé publique, des diagnostics, des vaccins et des traitements disponibles .

Outre les COV, l'OMS a classé sept autres altérations du virus SRAS-CoV2 comme "variantes d'intérêt" (VOI), dont la dernière est Lambda, associée au Pérou.

Les six autres VOI sont Epsilon (États-Unis, initialement détecté en mars 2020), Zeta (Brésil, avril 2020), Eta (plusieurs pays depuis décembre 2020), Theta (Philippines, janvier 2021), Iota (États-Unis, novembre 2020) et Kappa (Inde, octobre 2020).

Un variant est considéré comme intéressant lorsqu'il a été identifié comme une cause de transmission communautaire et détecté dans plusieurs pays.

Variants à transmission communautaire au Portugal

Les quatre variants classés par l'OMS comme étant d'intérêt - Alpha, Beta, Gamma et Delta - sont présents au Portugal et présentent une transmission communautaire, c'est-à-dire lorsque des cas surviennent sans qu'il soit possible de retracer l'origine de l'infection.

Selon les données préliminaires de juin de l'Institut national de la santé Doctor Ricardo Jorge (INSA), la prévalence de la variante Delta (B.1.617.2, associée à l'Inde) est supérieure à 60 % dans la région de Lisbonne et Vale do Tejo, étant toutefois encore inférieure à 15 % dans le Nord.

L'INSA estime que la variante Delta a un degré de transmissibilité environ 60 pour cent plus élevé que la variante Alpha, associée au Royaume-Uni et qui était prédominante au Portugal au mois de mai.

Cependant, l'institut prévoit que Delta, qui présente de multiples mutations dans la protéine "spike" qui la rend plus apte à transmettre et à échapper au système immunitaire, pourrait dépasser Alpha dans les semaines à venir.

En ce qui concerne Beta, associé à l'Afrique du Sud, et Gamma, identifié à Manaus, au Brésil, jusqu'au 16 juin, 133 cas et 146 cas avaient été identifiés, respectivement, ces deux variantes ayant également une transmission communautaire dans le pays.

Impact des variantes sur l'efficacité du vaccin

La variante Delta du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2 circule déjà dans 92 pays, comme l'indique l'OMS, ce qui garantit que les vaccins restent efficaces contre cette souche, prévenant ainsi les cas de maladie grave et les décès.

Selon la responsable technique de la réponse au covid-19 à l'OMS, Maria Van Kerkhove, lundi, la variante Delta "se propage rapidement" et "a une plus grande transmissibilité que la variante Alpha", initialement diagnostiquée au Royaume-Uni .

Maria Van Kerkhove a déclaré que les vaccins "fonctionnent contre la variante Delta" car, comme pour les autres souches du virus, ils préviennent la covid-19 grave et le décès si le cycle de vaccination est complet.

Le virologue Pedro Simas considère également que, jusqu'à présent, il n'y a pas eu de variante du coronavirus SRAS-CoV-2 qui "casse l'effet protecteur" des vaccins contre le covid-19, soulignant qu'ils sont tous efficaces pour prévenir la maladie grave et la mort .

"Cela ne veut pas dire que des cas très rares n'apparaissent pas, mais nous ne pouvons pas nous concentrer sur le rare et nous devons maintenant regarder le bien commun", a déclaré l'expert à Lusa.

Récemment, la Direction générale de la santé (DGS) a décidé de réduire l'intervalle de prise de la deuxième dose du vaccin d'Astrazeneca de 12 à 8 semaines afin d'assurer une "protection plus rapide" contre la transmission de nouvelles "variantes préoccupantes" du virus du SRAS. CoV-2.

Selon la DGS, le schéma vaccinal du vaccin VAXZEVRIA (anciennement appelé Astrazeneca) est de deux doses avec un intervalle de huit à douze semaines, "l'intervalle de huit semaines étant actuellement recommandé afin d'assurer la protection la plus rapide" apportée par la vaccination complète "sur la transmission de nouveaux variants préoccupants (VoC) du SRAS-CoV-2" tels que le variant Delta.

La veille, la commissaire européenne à la santé, Stella Kyriakides, a déclaré que des preuves émergeaient pour montrer que la variante Delta du coronavirus SRAS-CoV-2 "diminue la force du bouclier protecteur" créé par les vaccins, exhortant à accélérer la vaccination complète de la population.

"Des preuves sont apparues que les variantes - à savoir la variante Delta - diminuent la force du bouclier protecteur fourni par les vaccins, en particulier lorsque la vaccination n'est pas encore complète. Il est donc crucial que le plus grand nombre possible de citoyens soient vaccinés contre le covid -19, et que la vaccination soit complète dès que possible", a déclaré Stella Kyriakides.

Comment naissent les variantes du virus original

Tous les virus, y compris le SRAS-CoV-2 à l'origine du covid-19, ont tendance à se modifier avec le temps et la circulation, même si la plupart des changements n'ont que peu ou pas d'impact sur leurs propriétés.

Lorsqu'un virus fait des copies de lui-même, ces changements sont considérés comme des mutations. Un virus présentant une ou plusieurs nouvelles mutations est considéré comme une variante de l'original.

Certaines mutations peuvent entraîner des changements dans les caractéristiques d'un virus, comme sa plus ou moins grande capacité de transmission et le niveau ou la gravité d'une maladie qu'il peut causer.

Selon l'OMS, le SRAS-CoV-2, qui cause le covid-19, a tendance à évoluer plus lentement que d'autres virus connus, comme l'influenza qui cause la grippe.

À ce jour, des centaines de variations du SRAS-CoV-2 ont été identifiées dans diverses régions du monde, la grande majorité d'entre elles ayant peu d'impact sur les propriétés du coronavirus original.

Un effort mondial pour comprendre les variantes du SRAS-CoV-2

Depuis le début de la pandémie, l'OMS travaille avec un réseau mondial de laboratoires de recherche et d'essais spécialisés pour mieux comprendre le comportement du SRAS-CoV-2.

Ces groupes de recherche séquencent le SRAS-CoV-2 et partagent les résultats dans des bases de données publiques, notamment le GISAID, un organisme de recherche reconnu par la Commission européenne et partenaire de PREDEMICS, un projet sur la prédiction et la prévention des virus zoonotiques (avec transmission de l'animal à l'homme) à potentiel pandémique.

Cette collaboration mondiale permet aux scientifiques du monde entier de suivre le virus et ses mutations plus efficacement et plus rapidement.

Le réseau mondial de laboratoires de l'OMS comprend également un groupe de travail sur l'évolution du SRAS-CoV-2 qui se consacre spécifiquement à la détection des nouvelles mutations et à l'évaluation de leur impact prévisible.

Comment se déroule cette surveillance au Portugal

L'INSA coordonne la surveillance de la dissémination du nouveau coronavirus au Portugal, grâce à l'analyse du génome de ce virus pandémique.

Cette étude implique une collaboration avec l'Institut scientifique Gulbenkian (IGC), l'Institut de biomédecine (iBiMED, Université d'Aveiro), l'Institut des biosystèmes et des sciences intégratives (BioISI, Université de Lisbonne), l'Institut de recherche et d'innovation en santé ( i3S) et le Centre de recherche sur la biodiversité et les ressources génétiques (CIBIO, Université de Porto), pour le traitement des échantillons, et avec un réseau de plus de 60 hôpitaux et laboratoires dans tout le pays pour l'envoi des échantillons positifs à l'INSA.

L'"Étude de la diversité génétique du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) au Portugal" vise à déterminer les profils mutationnels du SARS-CoV-2 pour l'identification et le suivi des chaînes de transmission du nouveau coronavirus, ainsi que l'identification des nouvelles introductions du virus au Portugal.