Le département des maladies infectieuses de l'Institut national de la santé Ricardo Jorge (INSA ) a déjà analysé 13 256 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d'échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions représentant 297 municipalités du Portugal..617.2) est le variant le plus répandu au Portugal, avec une fréquence de 98,3 % au cours de la semaine 29 (du 19 au 25 juillet), supérieure à 95 % dans toutes les régions", indique le "Status report on the genetic diversity of the new SARS-CoV-2 coronavirus in Portugal" publié aujourd'hui sur le site de l'INSA .

Selon les données, la fréquence relative de la variante Delta au cours de cette période était de 100 % dans le Nord, en Algarve et dans la région autonome de Madère, de 97,6 % dans les régions du Centre et de l'Alentejo, de 97,2 % à Lisbonne et à Vale do Tejo et de 95 % dans la région autonome des Açores. Les chercheurs de l'INSA indiquent que, sur l'ensemble des séquences de la variante Delta analysées à ce jour, 62 présentent la mutation supplémentaire K417N dans la protéine Spike (sous-lignée AY.1) : "Cette sous-lignée a maintenu une fréquence relative inférieure à 1 % depuis la semaine 24 (du 14 au 20 juin), six cas ayant été détectés au cours de la période des semaines 28 (du 12 au 18 et 29 juillet) et 29 (du 19 au 25 juillet). )", indiquent-ils.

Le rapport sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2 indique également que la fréquence relative des variants Beta (B.1.351) et Gamma (P.1), initialement associés à l'Afrique du Sud et au Brésil (Manaus), respectivement, se maintient à la baisse et sans tendance à la hausse. Tous deux avaient une fréquence de 0,4 pour cent à la semaine 29, selon les données recueillies à ce jour, soulignent-ils, ajoutant qu'aucun nouveau cas du variant Lambda (C.37) n'a été détecté, qui a une circulation marquée dans les régions du Pérou et du Chili.

Parmi les autres variants d'intérêt en circulation au Portugal, l'INSA met en évidence les variants B.1.621, initialement détecté en Colombie, et Eta (B.1.525), initialement détecté au Nigeria, qui ont des mutations dans la protéine Spike, qui sont partagées avec certains des variants inquiétants. Ces variants ont une faible fréquence au Portugal, ayant été détectés à moins de 0,8 pour cent (B.1.621) ou 0,3 pour cent (Eta B.1.525) depuis la semaine 25 (21 au 27 juin), indique le document.

Dans le cadre de la surveillance continue de la diversité génétique du SRAS-CoV-2 que développe l'INSA, une moyenne de 601 séquences par semaine a été analysée depuis le début du mois de juin 2021. Cet échantillonnage a impliqué des laboratoires répartis dans les 18 districts du continent et les régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant une moyenne de 118 municipalités par semaine.

Depuis juin, l'INSA a adopté une nouvelle stratégie de surveillance continue de la diversité génétique du nouveau coronavirus au Portugal, qui repose sur un échantillonnage hebdomadaire à l'échelle nationale. " Cette approche permettra une meilleure caractérisation génétique du SRAS-CoV-2, puisque les données seront analysées en continu, et qu'il n'y aura plus d'intervalles de temps entre les analyses ", souligne l'institut.