Selon le dernier rapport de situation sur la diversité génétique du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2 au Portugal, sur l'ensemble des séquences de la variante Delta analysées, 62 présentent la mutation supplémentaire K417N dans la protéine Spike (appelée Delta Plus), qui a maintenu une fréquence relative inférieure à 1 % de la semaine du 14 au 20 juin.

Aucun cas n'a été détecté au cours de la semaine analysée entre le 26 juillet et le 1er août (semaine 30), rapporte l'Institut national de la santé (INSA).

Le rapport de l'INSA indique qu'à ce jour, 13 807 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d'échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 298 municipalités du Portugal, ont été analysées.

L'institut indique également qu'une moyenne de 588 séquences par semaine a été analysée depuis le début du mois de juin et que ces échantillons ont impliqué des laboratoires répartis dans les 18 districts du Portugal continental et des régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant une moyenne de 118 conseils par semaine.

Le Nucleus Bioinformatique du Département des Maladies Infectieuses de l'Institut National de la Santé Ricardo Jorge (INSA) a déjà analysé 13 807 séquences du génome du nouveau coronavirus, obtenues à partir d'échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 298 municipalités du Portugal.

Le rapport sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2 indique que la fréquence du variant Delta atteint 100 % dans les régions de Lisbonne et Vale do Tejo, Alentejo et Algarve et dans les régions autonomes des Açores et de Madère.

Il indique également que "la fréquence relative des variants Beta (B.1.351) et Gamma (P.1), initialement associés à l'Afrique du Sud et au Brésil (Manaus), respectivement, reste faible et sans tendance à la hausse, sans aucun cas de souche détectée à la semaine 30, selon les données".

L'INSA ajoute qu'aucun nouveau cas du variant Lambda (C.37) n'a été détecté, " qui circule dans les régions du Pérou et du Chili ".

Parmi les autres "variants d'intérêt" circulant au Portugal, l'INSA met en évidence les variants B.1.621 (détecté pour la première fois en Colombie) et Eta (B.1.525 - initialement détecté au Nigeria), qui présentent des mutations dans la protéine Spike qui sont partagées avec certains des "variants d'intérêt".

Toutefois, ces variants ont une faible fréquence au Portugal, puisqu'ils ont été détectés à moins de 0,8 % (B.1.621) ou 0,3 % (Eta B.1.525) depuis la semaine 25 (du 21 au 27 juin).

Depuis juin, l'Institut Ricardo Jorge a adopté une nouvelle stratégie de surveillance continue de la diversité génétique du nouveau coronavirus au Portugal, qui repose sur un échantillonnage hebdomadaire d'envergure nationale.