Le 21 avril 1809, le général Sir Arthur Wellesley débarque à Lisbonne avec 17 000 soldats britanniques, amalgamés aux restes de l'armée portugaise réorganisée par le colonel anglo-irlandais Wiliam Carr Beresford, nommé commandant en chef par le prince-régent qui a évacué la famille royale et le gouvernement au Brésil en novembre 1807. Ensemble, ils marchent vers le nord pour repousser la deuxième invasion du Portugal par les armées républicaines françaises commandées par le général Soult qui a pris Chaves et Porto et attend des renforts qui sont sur le point d'entrer au Portugal par la vallée du Tage. Wellesley décide de prendre l'initiative en entrant en Espagne et remporte une victoire écrasante à Talavera, après quoi il est nommé duc de Wellington.

Cependant, cela ne découragea pas les Français, désormais dirigés par le maréchal Masséna qui rassembla trois divisions totalisant 65 000 soldats bien entraînés et une artillerie de quatre-vingt-quatre canons. Cette force prépara une troisième attaque et entra au Portugal à la frontière de Beira en août 1810. Wellington a pu rassembler environ 50 000 hommes, dont des membres de la Légion Lusitanienne Internationale commandée par le colonel Robert Wilson, et a préparé une position dans les collines de Bussaco où les Français sont tombés dans une embuscade et ont perdu 4 500 hommes. Mais l'implacable Masséna poursuit son chemin pour saccager Coimbra et attaquer Tomar tandis que l'armée de Wellington effectue une retraite tactique vers les lignes fortifiées de Torres Vedras où une position défensive ingénieuse a été construite par Beresford. Les Français se lancent dans le piège avec un premier assaut apparemment réussi sur le mur extérieur, mais ils sont débordés et contraints de battre en retraite vers Santarém où un pont est improvisé pour acheminer des fournitures et des renforts à travers l'Alentejo. Les forces alliées les poursuivent et livrent deux victoires à Sabugal et Fuentes de Oñoro, après quoi les Français abandonnent la troisième invasion et l'occupation du Portugal prend fin.

La décennie précédant 1809 avait été marquée par l'humiliation des Portugais aux mains des Français. Napoléon Bonaparte avait astucieusement démembré trois coalitions de puissances européennes opposées par la diplomatie, la force ou la corruption. Après avoir obtenu le traité de San Ildefonso en 1796, l'Espagne a dû déclarer la guerre à l'Angleterre, qui ne disposait plus que de son énorme puissance maritime pour bloquer les ports continentaux et harceler la navigation. Comme il n'y avait aucun moyen de défendre le Portugal allié, l'Angleterre a consenti à la suspension de ses anciennes alliances et a permis au Portugal de négocier la neutralité. Cependant, Napoléon, qui craint qu'un talon d'Achille ne vienne contrecarrer son plan de domination de l'Espagne, impose des conditions impossibles à respecter, notamment l'expulsion de tous les Britanniques et la confiscation de leurs biens, la partition du Portugal en trois provinces soumises et une énorme contribution financière et militaire à la cause républicaine française. La guerre et l'invasion s'ensuivent rapidement mais, sous l'influence des retentissantes victoires navales britanniques au Cap Saint-Vincent (1797) et à Trafalgar (1805) et en raison de la force de l'hostilité publique tant en Espagne qu'au Portugal, l'armée française et tout son butin sont évacués par mer en 1808 et remplacés par un régime fantoche.

L'intervention britannique réussie dans les guerres péninsulaires et les campagnes pour l'indépendance est sans doute la plus grande et la dernière occasion où les alliances anglo-portugaises ont été observées par une action militaire. Cependant, l'économie est en lambeaux en raison de la spoliation française et le prince-régent, qui reste au Brésil jusqu'en 1821, décide de signer un nouveau traité commercial avec la Grande-Bretagne, en vertu duquel les exportations bénéficieront du "traitement de la nation la plus favorisée" et les importations seront taxées à 15 % au lieu des 24 % appliqués aux autres nations. Mais, comme les cours de justice et l'administration commerciale étaient centrées à Rio de Janeiro, le Brésil a continué à commercer directement avec la Grande-Bretagne et les pays d'Europe du Nord au lieu d'utiliser Lisbonne comme plaque tournante. La réduction conséquente des revenus et le refus de la France de payer des réparations de guerre adéquates au Portugal ont provoqué de nombreux griefs et la dépression qui s'en est suivie a encouragé le peuple à considérer le libéralisme comme une alternative à l'absolutisme.

Peu à peu, le commerce avec les possessions disséminées dans l'océan Indien est rétabli, mais en Afrique centrale, l'influence portugaise commence à décliner face aux revendications territoriales de la Grande-Bretagne, de l'Allemagne, de la Belgique et de la Hollande, tandis que la France continue à entretenir ses colonies et établit Brazzaville en 1880. Deux ans plus tard, le roi Léopold de Belgique et les Allemands lancent l'Association internationale africaine qui vise à déloger les usines portugaises (26 sur 49) des territoires du Congo qui, en février 1885, devient un État indépendant. Cette situation provoque la consternation à Lisbonne car elle menace le rêve portugais de créer une colonie d'un océan à l'autre par un corridor reliant l'Angola au Mozambique. Un appel au soutien de la Grande-Bretagne reçoit une réponse tiède car elle a également des aspirations expansionnistes, notamment la construction d'un corridor nord-sud centré sur le lac Nyasa.

Cette joute des puissances européennes pour la colonisation de l'Afrique s'est poursuivie jusqu'à la fin du 19ème siècle, avec des disputes de plus en plus âpres et des menaces de guerre. En 1899, par exemple, Lord Salisbury de Grande-Bretagne a demandé au Portugal de déclarer la guerre aux Boers (en violation du traité Portugal-Transvaal de 1875) pour soutenir les alliances anglo-portugaises. Cette demande est ratifiée par une déclaration secrète signée en octobre 1899, qui prévoit le blocus de Lourenço Marques pour empêcher l'envoi d'armes et de fournitures aux Allemands et aux Français.

Les loyautés et la confiance mutuelle ont été mises à rude épreuve par ces querelles peu dignes concernant l'exploitation par les États européens du continent noir et il faut dire que la Grande-Bretagne n'a pas fait figure de phare de vertu dans ce climat de concurrence. Le Portugal, disposant de peu de ressources en hommes et en armes, est impuissant à protéger ses intérêts et doit accepter l'éclipse de sa fortune.

Dans la sixième partie, nous compléterons cette étude en examinant l'Alliance de 1900 à 2021.