Op 21 april 1809 landde generaal Sir Arthur Wellesley in Lissabon met 17.000 Britse troepen. Deze werden samengevoegd met restanten van het Portugese leger dat was gereorganiseerd door de Engels-Ierse kolonel Wiliam Carr Beresford. Hij was tot hun opperbevelhebber benoemd door de prins-regent die de koninklijke familie en de regering in november 1807 naar Brazilië had geëvacueerd. Samen trokken ze naar het noorden om de tweede invasie van Portugal af te slaan door Franse republikeinse legers onder bevel van generaal Soult, die Chaves en Porto had ingenomen en wachtte op versterkingen die op het punt stonden Portugal binnen te trekken door de vallei van de Taag. Wellesley besloot het initiatief te nemen door Spanje binnen te trekken en behaalde een verpletterende overwinning bij Talavera, waarna hij werd benoemd tot hertog van Wellington.

Dit weerhield de Fransen er echter niet van om onder leiding van maarschalk Masséna drie divisies van in totaal 65.000 goed getrainde soldaten en een artillerie van vierentachtig kanonnen samen te stellen. Deze troepenmacht bereidde een derde aanval voor en trok in augustus 1810 Portugal binnen bij de grens met Beira. Wellington was in staat ongeveer 50.000 man op de been te brengen, waaronder leden van het internationale Loyale Lusitaanse Legioen onder bevel van kolonel Robert Wilson, en bereidde een stelling voor in de heuvels van Bussaco waar de Fransen in een hinderlaag liepen en 4.500 man verloren. Maar de meedogenloze Masséna ging verder om Coimbra in te nemen en Tomar aan te vallen terwijl het leger van Wellington zich tactisch terugtrok naar de versterkte linies van Torres Vedras waar een ingenieuze verdedigingsstelling was gebouwd door Beresford. De Fransen gingen de val in met een schijnbaar succesvolle eerste aanval op de buitenste muur, maar werden in de flank overlopen en gedwongen zich terug te trekken naar Santarém waar een brug was geïmproviseerd om voorraden en versterkingen over de Alentejo te brengen. Omdat geen van beide aankwam, besloot Masséna zich met zijn nu vermoeide en ontmoedigde troepen terug te trekken naar Guarda. De geallieerde troepen achtervolgden en vochten twee succesvolle confrontaties uit bij Sabugal en Fuentes de Oñoro, waarna de Fransen de derde invasie staakten en de bezetting van Portugal definitief tot een einde kwam.

Het decennium vóór 1809 was er een geweest van vernedering voor de Portugezen door toedoen van de Fransen. Napoleon Bonaparte had op sluwe wijze drie coalities van tegengestelde Europese mogendheden uiteengereten door diplomatie, geweld of omkoperij. Nadat hij in 1796 het Verdrag van San Ildefonso in de wacht had gesleept, werd Spanje gedwongen de oorlog te verklaren aan Engeland, dat alleen nog over zijn enorme zeemacht beschikte om de continentale havens te blokkeren en de scheepvaart te dwarsbomen. Aangezien het geallieerde Portugal op geen enkele manier kon worden verdedigd, stemde Engeland in met de opschorting van zijn oude bondgenootschappen en stond Portugal toe over neutraliteit te onderhandelen. Napoleon, die op zijn hoede was voor een Achilleshiel die zijn plan om Spanje te domineren zou kunnen doorkruisen, legde echter onmogelijke voorwaarden op, waaronder de uitwijzing van alle Britten en de confiscatie van hun bezittingen, de verdeling van Portugal in drie onderworpen provincies en een enorme bijdrage in de vorm van geld en militaire hulp aan de Franse Republikeinse zaak. De oorlog en invasie volgden snel, maar onder invloed van de klinkende Britse zeeslagen bij Kaap St. Vincent (1797) en Trafalgar (1805) en door de sterke vijandigheid van het publiek in zowel Spanje als Portugal, werd het Franse leger met al zijn buit in 1808 over zee geëvacueerd en vervangen door een marionettenregime.

De succesvolle Britse interventie in de Schiereilandoorlogen en de onafhankelijkheidscampagnes was waarschijnlijk de grootste en laatste keer dat de Engels-Portugese allianties door militaire actie in acht werden genomen. De economie was echter aan flarden door de Franse plundering en de prins-regent , die tot 1821 in Brazilië bleef, besloot een nieuw handelsverdrag met Groot-Brittannië te ondertekenen waarbij de uitvoer een "meestbegunstigingsbehandeling" zou krijgen en de invoer zou worden belast tegen 15% in plaats van de 24% die aan andere naties in rekening werd gebracht. Maar omdat de rechtbanken en de handelsadministratie in Rio de Janeiro waren gevestigd, bleef Brazilië rechtstreeks handel drijven met Groot-Brittannië en de Noord-Europese landen in plaats van Lissabon als draaischijf te gebruiken. De daaruit voortvloeiende vermindering van de inkomsten en de weigering van Frankrijk om Portugal voldoende oorlogsherstel te betalen, veroorzaakten veel ongenoegen en de daaropvolgende depressie zette de bevolking ertoe aan het liberalisme als een alternatief voor het absolutisme te beschouwen.

Geleidelijk aan werd de handel met de over de Indische Oceaan verspreide bezittingen hersteld, maar in Centraal-Afrika begon de Portugese invloed te tanen ten gevolge van territoriale aanspraken van Groot-Brittannië, Duitsland, België en Nederland, terwijl Frankrijk zijn kolonies bleef koesteren en in 1880 Brazzaville oprichtte.Twee jaar later richtten Koning Leopold van België en de Duitsers de Internationale Afrikaanse Associatie op, die tot doel had de Portugese (26 van de 49) fabrieken te verdrijven van het grondgebied van Kongo, dat in februari 1885 een onafhankelijke staat werd. Dit veroorzaakte consternatie in Lissabon omdat het een bedreiging vormde voor de Portugese droom om een kust-tot-kust kolonie te stichten door middel van een corridor die Angola met Mozambique zou verbinden. Een oproep aan Groot-Brittannië om steun werd lauw beantwoord omdat dit land ook expansionistische aspiraties had, waaronder de aanleg van een noord-zuid corridor rond het Nyasameer.

Deze strijd van de Europese mogendheden om de kolonisatie van Afrika ging door tot het einde van de 19e eeuw met steeds bitterder argumenten en oorlogsdreigingen. In 1899 bijvoorbeeld riep Lord Salisbury van Groot-Brittannië Portugal op de Boeren de oorlog te verklaren (in strijd met het Portugees-Transvaalsverdrag van 1875) om de Engels-Portugese allianties te steunen. Dit werd bekrachtigd door een geheime verklaring die in oktober 1899 werd ondertekend en die de blokkade van Lourenço Marques inhield om de verzending van wapens en voorraden naar de Duitsers en de Fransen te verhinderen.

Loyaliteit en wederzijds vertrouwen kwamen onder druk te staan door dit weinig waardige gekibbel over de exploitatie door Europese staten van het donkere continent en het moet gezegd dat Groot-Brittannië in dit concurrerende klimaat geen baken van deugd was. Portugal, dat over weinig mankracht en wapens beschikte, was machteloos om zijn belangen te verdedigen en moest de ondergang van zijn fortuin aanvaarden.

In deel 6 zullen wij deze studie afronden met een onderzoek van de Alliantie van 1900 tot 2021