Avdelningen för infektionssjukdomar vid det nationella hälsoinstitutet Ricardo Jorge (INSA) har redan analyserat 13 256 sekvenser av det nya coronavirusets arvsmassa från prover som samlats in från mer än 100 laboratorier, sjukhus och institutioner i 297 kommuner i Portugal. "Bland de nya sekvenser som analyserats är Delta-varianten (B.1.617.2) den vanligaste varianten i Portugal med en frekvens på 98,3 procent under vecka 29 (19-25 juli) och över 95 procent i alla regioner", står det i "Statusrapport om den genetiska mångfalden av det nya SARS-CoV-2 coronaviruset i Portugal" som publicerades idag på INSA:s webbplats.

Enligt uppgifterna var den relativa frekvensen av Deltavarianten under denna period 100 procent i norra delen, Algarve och den autonoma regionen Madeira, 97,6 procent i regionerna Centrum och Alentejo, 97,2 procent i Lissabon och Vale do Tejo och 95 procent i den autonoma regionen Azorerna. INSA-forskarna säger att av de totala sekvenser av Delta-varianter som hittills analyserats har 62 stycken den extra K417N-mutationen i Spike-proteinet. "Denna variant har bibehållit en relativ frekvens under 1 procent sedan vecka 24 (14-20 juni) , med sex fall som upptäckts under perioden vecka 28 (12-18 och 29 juli) och 29 (19-25 juli). )", hänvisar de.

Rapporten om den genetiska mångfalden av SARS-CoV-2 visar också att den relativa frekvensen av varianterna Beta (B.1.351) och Gamma (P.1), som ursprungligen förknippades med Sydafrika respektive Brasilien (Manaus), fortsätter att sjunka och inte har någon stigande trend. Båda hade en frekvens på 0,4 procent vid vecka 29, enligt de uppgifter som hittills samlats in, betonar de och tillägger att inga nya fall av Lambdavarianten (C.37) upptäcktes, som har markerad spridning i regionerna Peru och Chile.

Bland andra varianter av intresse som cirkulerar i Portugal lyfter INSA fram varianterna B.1.621, som ursprungligen upptäcktes i Colombia, och Eta (B.1.525), som ursprungligen upptäcktes i Nigeria, som har mutationer i Spike-proteinet, som delas med några av de oroande varianterna. Dessa varianter har en låg frekvens i Portugal och har upptäckts under 0,8 procent (B.1.621) eller 0,3 procent (Eta B.1.525) sedan vecka 25 (21-27 juni), står det i dokumentet.

Som en del av den kontinuerliga övervakningen av den genetiska mångfalden av SARS-CoV-2 som INSA håller på att utveckla har i genomsnitt 601 sekvenser per vecka analyserats sedan början av juni 2021. Denna provtagning har involverat laboratorier som är fördelade över de 18 distrikten på kontinenten och de autonoma regionerna Azorerna och Madeira, vilket omfattar i genomsnitt 118 kommuner per vecka.

Från och med juni antog INSA en ny strategi för kontinuerlig övervakning av den genetiska mångfalden hos det nya coronaviruset i Portugal, som bygger på veckovisa provtagningar i hela landet. "Detta tillvägagångssätt kommer att möjliggöra en bättre genetisk karakterisering av SARS-CoV-2, eftersom data kommer att analyseras kontinuerligt och det inte längre kommer att finnas tidsintervall mellan analyserna", betonar institutet.