Cort, 30, genomförde de 203,1 kilometerna mellan Faro och Tavira på 05:05.14 timmar och slog därmed italienaren Filippo Ganna (INEOS) på andra plats, belgaren Jordi Meeus (BORA-hansgrohe) på tredje plats, Rui Oliveira (UAE Emirates) på sjätte plats och Rui Costa (Intermarché-Wanty-Circus) på sjunde plats.

Totalt sett har dansken nu en ledning på 18 sekunder över Rui Costa, som är tvåa, och 20 sekunder bakom belgaren Ilan Van Wilder (Soudal-QuickStep), trea.

På lördag förbinder den fjärde och näst sista etappen i den 49:e upplagan Albufeira med toppen av Malhão på 177,9 kilometer, innan söndagens avgörande tidskval i Lagoa.