1621ء میں وہ جاپان چلے گئے۔ سماجی زندگی کے اندر کیتھولک اور مسیحیوں کی تعداد پر وہاں بڑھتی ہوئی عدم اطمینان تھا۔ توکوگاوا خاندان کے دوسرے شوگن نے ایک فرمان جاری کیا. اس سے مسیحی ایمان کی کسی بھی تعلیم یا عمل پر پابندی لگا دی گئی۔ تمام مشنریوں کو کہا گیا تھا کہ وہ جاپان کو موت کے خطرے میں چھوڑ دیں۔

کاروالہو دو سال تک ایک سپاہی کی حیثیت سے بھیس میں آماکوسا جزیرے پر رہتا تھا۔ اس نے جاپانی سیکھا اور خود کو جاپانی ثقافت میں شامل کر لیا۔ پھر جزیرہ کے گورنر نے دوسروں کو اقرار کیا کہ میگل واقعی میں ایک مشنری تھا اور وہ جزیرے سے نکال دیا گیا تھا۔

کچھ مدد کے ساتھ انہوں نے اسے ناگاساکی بنا دیا جہاں انہوں نے اپنے مشنری کام جاری رکھا اور مومنوں کے ایک چھوٹے سے گروہ کی دیکھ ریکھ کی. جولائی 1623 میں وہ اومورا سے واپس آ رہا تھا اور ایک مخبر کے کلام پر گرفتار کیا گیا تھا. اُس کو مقامی قید میں لے جایا گیا جہاں اُس نے دو ہسپانوی اور دو جاپانی مشنریوں کو اسیری میں شامل کر لیا تھا۔ اُس نے اپنا وقت قید خانے میں دعا مانگنے اور روزانہ اجتماع کہنے میں گزارا۔



قیدیوں کو سزائے موت دی گئی اور 25 اگست 1624ء کو میگوئل اور اس کے ساتھی قیدیوں کو داؤ پر جلا دیا گیا۔


وہ براگا کیمپس میں پرتگال کی کیتھولک یونیورسٹی کے شعبہ فلسفہ کے پیٹرن سینٹ ہیں اور ان کی دعوت کا دن 25th اگست ہے.