לאחר הסמכתו ללימודי הכהונה והתיאולוגיים ברומא, חזר למולדתו וחידש משימות פסטורליות ואקדמיות שונות. הוא הפך לבישוף עזר ראשון ובשנת 1964 הארכיבישוף של קרקוב והשתתף במועצת הוותיקן השנייה.



ב-16 באוקטובר 1978 נבחר לאפיפיור ולקח את השם יוחנן פאולוס השני. הקנאות האפוסטולית יוצאת הדופן שלו, במיוחד עבור משפחות, צעירים וחולים, הובילה אותו לביקורים פסטורליים רבים ברחבי העולם. הוא ביקר בפורטוגל בארבע הזדמנויות ונפגש עם אשת החזון האחרונה של פטימה האחות לוסיה.



הוא מת בשלווה ברומא ב-2 באפריל 2005. הוא הוקאנוניזציה על ידי האפיפיור פרנציסקוס ב-27 באפריל, יום ראשון השני של חג הפסחא 2014.