Yamamoto morreu a 19 de agosto na sua casa em Saitama, a norte de Tóquio, segundo disse o filho mais velho, Takao Yamamoto, numa declaração nas redes sociais.

O seu primeiro trabalho como diretor artístico foi na série "Conan, o Rapaz do Futuro", realizada por Hayao Miyazaki para o estúdio Nippon Animation, que chegou a Portugal nos anos 1980, exibida pela RTP.

Em 1985, Miyazaki convidou-o a juntar-se ao seu novo estúdio, o Studio Ghibli, para participar na produção de "O Castelo no Céu", e participaria em numerosas obras de Miyazaki ou do seu parceiro Isao Takahaya, incluindo "Grave of the Fireflies" e a "Princesa Mononoke".

Yamamoto também trabalhou como diretor de arte e artista de fundo em filmes de culto como "Perfect Blue", de Satoshi Kon, "A Rapariga que Saltou no Tempo", de Mamoru Hoshoda, e "O Tempo Contigo", de Makoto Shinkai, que estabeleceram a perceção das suas nuvens características, apelidadas de "nuvens Nizo".