Tras casi diez años en Kanara, regresó a Goa, y en 1686 fundó allí un Oratorio de San Felipe Neri con un grupo de otros sacerdotes, recibiendo consejo y ayuda de las casas oratorianas que entonces había en Portugal. Sólo un año después, en 1687, se sintió llamado a dejar Goa e ir como misionero a la isla de Ceilán, hoy Sri Lanka.

Permaneció en esa isla durante veinticuatro años, ejerciendo su ministerio sacerdotal en circunstancias muy restrictivas. Fue rigurosamente perseguido por las opresivas autoridades calvinistas holandesas, que querían poner fin a sus esfuerzos por reconstruir la Iglesia y mantener vivo el catolicismo en Ceilán. Tenía que viajar disfrazado a todas partes y se veía obligado a celebrar los sacramentos en secreto por la noche.

El P. Vaz decidió establecerse en el reino de Kandy, en el interior de la isla. A su llegada fue detenido como espía y encarcelado. Fue liberado después de rezar y obtener lo que todos consideraron una lluvia milagrosa que puso fin a una prolongada sequía. Después, el rey budista de Kandy le dio su protección personal.

En 1696, varios Padres del Oratorio de Goa se unieron a él en Ceilán y se estableció allí una misión debidamente constituida. El P. Vaz rechazó el cargo de Vicario Apostólico, prefiriendo seguir siendo un simple sacerdote misionero. Entre otras tareas pastorales, tradujo un catecismo y oraciones a las lenguas locales, el cingalés y el tamil. La gente le llamaba "Sammanasu Swam", el sacerdote angelical.

A principios de 1711 supo que se moría. El 16 de enero recibió la extremaunción con los miembros de su rebaño reunidos en torno a su lecho. Les dijo: "Vivan siempre según la inspiración de Dios". Murió a medianoche. Tenía sesenta años.

Por desgracia, se desconoce el paradero exacto de sus restos.

Fue beatificado en Sri Lanka por el Papa Juan Pablo II el 21 de junio de 1995, y canonizado allí por el Papa Francisco el miércoles 14 de enero de 2015.

Su fiesta se celebra el 16 de enero.